El error PKCS7_sign failed suele ocurrir al mezclar los archivos PEM, CSR. CRT de diferentes tandas de creación.
Puede ser que hayan generado varias veces el archivo PEM, CSR, y CRT de AFIP, y los mezclaron al vincularlos al programa.
Cada conjunto va unido, el archivo PEM corresponde con el CSR y a su vez con el CRT descargado de AFIP.
Tendría que generar el PEM y CSR de nuevo y subir a AFIP nuevamente el CSR para descargar el CRT correspondiente.
Asociar al programa el PEM y CRT de esta última creación.